精灵融合是一项核心的玩法机制，通过特定的方式将两只精灵合二为一，从而孕育出更强大、拥有全新技能与外观的融合精灵。这项操作并非在战斗场景中直接进行，而是需要在游戏内指定的功能区域——实验室或称为精灵中心内完成。玩家首先需通过游戏主界面的精灵图标进入精灵中心，随后找到并点击二代精灵培育按钮以开启融合流程的入口。理解并遵循这一基本规则是成功进行融合的前提。
进行融合操作需要满足明确的先决条件，首要的是对作为材料的精灵状态有严格规定。被放置在融合主位置上的精灵，必须是其自身进化链条中的最高阶段形态；而放置在副位置上的精灵，则不能携带任何特殊的元神能量，否则将导致融合失败。这一规则强调了在融合前对精灵养成状态的规划与准备的重要性。进入具体的融合界面后，玩家会看到一个融合转生舱，将符合要求的主、副精灵分别放置在指定位置，是执行融合的关键一步。
除了精灵本身，融合过程还需要使用一种名为星球能源的道具进行辅助，这些能源的种类和搭配会对融合的最终结果产生影响。星球能源并非凭空获得，玩家可以通过在游戏世界的野外场景进行采集，或者通过击败野外精灵来随机获取。在融合界面中，通过能源加载按钮添加所持有的能源，不同的能源组合可能会微妙地影响融合的成功率，乃至决定新生融合精灵的部分特性，因此提前收集和规划使用何种能源是融合策略的一部分。
精灵融合的本质在于对原有精灵属性与技能体系的再组合与升华，其目的是为了创造出在实战中更具价值的战斗单位。一次成功的融合不仅诞生了新的精灵个体，也意味着一段新的培养历程的开始。融合后产生的产物通常以元神珠的形态存在，玩家需要携带它前往宇宙中某些特定的星球，使其吸收足够的自然能量才能最终孵化。融合精灵的强度与其作为材料的精灵的等级、天赋等基础素质密切相关，原则上，参与融合的原材料精灵等级越高、天赋越好，所诞生的融合精灵的初始潜力也就越大。
掌握有效的融合公式是获得目标融合精灵的直接途径，游戏中存在一系列经过验证的特定精灵组合。已知通过布布花与小豆芽的组合，并消耗空气结晶，可以融合出黄金布布；而烈焰猩猩与贝尔结合，辅以火焰元素，则能融合出炎火猴。这些公式揭示了不同属性精灵之间存在的特定关联。玩家可以通过研究这些组合，有针对性地捕捉和培养对应的基础精灵，从而系统性地向获得强力的融合精灵迈进。需要指出的是，融合存在一定的不确定性，并且会消耗作为材料的精灵。
