斗罗大陆神界传说2的单主剧情深度还原了原著中神界权力斗争与时空危机的核心冲突。游戏以毁灭之神与海神唐三的对抗为主线，玩家将逐步解锁神界叛乱、金龙王作乱、时空乱流等关键事件。剧情起始于毁灭之神为扩张神界发动的政变，期间穿插唐三因妻子小舞怀孕而实力受限的困境，最终导向神界被时空乱流卷走的开放式结局。游戏通过章节任务完整呈现了原著中神祇阵营的对立与融合技设定，包括情绪之神霍雨浩、蝶神唐舞桐等角色的救援行动。
游戏中的单主剧情推进依赖主线副本挑战，每一章节对应原著的重要转折点。初期任务聚焦毁灭之神联合七原罪神囚禁唐三的叛乱，中期转为生命女神与毁灭之神牺牲自我抵御时空乱流的悲壮桥段，后期则围绕金龙王神核入侵唐舞麟体内的危机展开。玩家需通过培养特定阵营魂师（如善良阵营的唐三或邪恶阵营的原罪神）来解锁剧情分支，但核心脉络严格遵循原著设定，未添加原创结局。战斗过程中会触发神禁之地决战创世神力融合等关键动画，强化剧情沉浸感。
提升霍雨浩和唐舞桐的契合度可提前开启情绪蝶神融合技剧情，而收集五大执法神（修罗神唐三、邪恶之神姬动等）则能解锁神界委员会的相关记忆片段。需部分高难度副本如时空乱流抵御战要求玩家达到特定战力门槛，否则无法体验完整剧情。游戏通过魂师对话、战场旁白等方式补充了原著未详述的细节，例如毁灭之神对唐舞桐的父辈情感。
由于神界最终消失的开放式结局，游戏将金龙王危机与唐舞麟降生作为高潮收尾，玩家需在保护神界中枢与拯救唐舞麟两条任务线中分配资源。若选择优先完成前者，可解锁毁灭之神忏悔的隐藏剧情；而侧重后者则会触发唐三剥离金龙王神核的专属动画。这种设计既保留了原著悬念，也为后续龙王传说的剧情联动埋下伏笔。
尽管部分战斗关卡存在重复性，但关键节点的剧情演绎和角色互动仍能有效维持玩家的代入感。对于原著党而言，游戏在神战细节和情感刻画上的补充值得深入体验。
