特殊技能通常指那些拥有独特机制或能显著改变战斗方式的角色主动技能。炼金术士的活体炼金术投掷的药剂能残留于敌人身上，受到攻击后会催发药性，并对敌人施加元素状态。牧师的恢复法阵不仅能治疗和解除负面效果，还能为范围内的友方提供伤害减免和持续生命恢复。骑士的混沌打击在持续期间可提升自身攻速、暴击并减免伤害，同时攻击能发射使敌人盲目的暗影射线。圣骑士的神圣勇士开启后能持续造成范围伤害，其剑气附带的神圣伤害在暴击时可恢复自身护盾。这些技能的核心在于提供了超越普通攻击的战术维度，是角色构建的基石。
另一类特殊技能着重于对角色自身或武器进行显著强化。骑士经典的火力全开或全力攻击技能允许其短时间内同时使用多把武器，从而爆发巨额伤害。气宗的六脉神剑技能能将内力注入武器，使每次攻击命中时都释放一道可造成范围伤害的气功波，并且在技能持续期间击败敌人可以恢复护甲，实现了攻防一体的效果。圣骑士的神圣勇士在开启时直接提供了高额的伤害减免。这类强化技能通常直接提升了角色的输出效率或生存能力，是应对高强度战斗的关键。
召唤与分身类技能构成了游戏中独特的一人成军体系。机器人的无人机集群可以召唤多架自动追踪敌人的无人机进行协同攻击。特种骑士部队的主动技能能够召唤另一位骑士战友登场助战，并自动释放其专属技能。忍者职业（在元气骑士前传中有所体现）的核心也围绕着灵卫和分身展开，通过强化单个召唤物并增加其数量来形成强大战力。剑宗新增的流云飞剑技能能发射多把飞剑，并在第三阶段召回所有飞剑进行斩击，展现了以气御剑的召唤理念。这些技能通过增加战场单位来分散敌人火力并增强整体输出。
元素附着与大范围控制是许多特殊技能的标志性效果。炼金术士的药剂能直接给敌人附加冰、火、毒等元素状态。船长的元素炸药桶爆炸后不仅能清除弹幕，还会溅射出对应元素的破片。牧师的恢复法阵本身就具备解除友方负面状态的功能。若角色或技能效果能附带冰冻，则能有效限制敌人行动。气宗的六脉神剑产生的气功波在获得冰盾天赋后也能附带冰冻效果，实现范围控制。这类技能通过元素交互和状态影响，为战斗提供了强大的控场手段。
部分特殊技能拥有更独特的机制或获取方式。机器人的电磁脉冲技能可以在瞬间干扰周围区域，吸收飞行中的子弹，产生类似短暂无敌的效果，适用于危急时刻保命。咒法骑士的能量迸涌技能效果会根据主武器是近战还是远程发生根本性变化，近战触发连续的斩击并可消除子弹，远程则发射追踪飞弹。一些技能如剑宗的流云飞剑属于付费解锁内容。而机器人角色本身作为隐藏角色，需要玩家使用工程师角色，收集特定材料在工坊中修复才能解锁。这些设计增加了游戏的探索深度和角色间的差异度。
