村民一夜之间消失的现象通常由多种因素共同导致，其中最常见的原因是敌对生物袭击。僵尸、骷髅等敌对生物会在夜间生成并攻击村民，尤其是当村庄缺乏有效防御时，村民可能被迅速消灭或转化为僵尸村民。若玩家在村庄附近活动但未及时清除威胁，敌对生物的刷新频率会显著增加，加速村民的消亡。
另一个关键因素是游戏机制中的区块加载问题。当玩家离开村民超过128格距离时，部分村民可能因区块卸载而被系统清除。这种现象在玩家频繁远距离探索时尤为明显。若村庄未满足有效门的判定条件（即木门前后光照差异），系统可能不再将该区域识别为村庄，导致村民失去保护机制而更容易消失。
洪水可能冲毁村庄建筑，火灾会蔓延并烧毁木质结构的房屋，这些环境变化会直接导致村民死亡或迁移。虽然游戏中的自然灾害并非高频事件，但在特定地形生成的村庄（如靠近岩浆或河流的区域）风险会显著提升。
误杀村民、破坏工作站或床铺会中断村民的繁殖与职业绑定，长期缺乏维护可能导致人口自然衰减。未及时治疗僵尸村民或未提供足够的繁殖条件（如闲置床位），也会使村庄难以维持人口基数。
要系统性解决这一问题，需采取多维度措施。建造围墙和照明设施可阻隔敌对生物，铁傀儡能提供主动防御。定期检查区块加载状态，避免村民因距离过远被清除。合理规划村庄布局，确保有效门数量充足，并保留备份存档以应对突发情况。
理解这些机制后，玩家可通过针对性调整降低村民消失概率。尽管无法完全避免意外，但综合防护与定期维护能大幅提升村庄稳定性。关键在于平衡探索需求与村庄管理，确保村民生存环境始终处于可控状态。
